인습과 전통에 대해 순응하는 일본 사회에 저항하는 메세지를 담은 작품으로 1630년 도쿠가와 막부가 막 일어난 무렵의 어느 날, 웅장한 사무라이 가문에 들어선 그는 더 이상의 비참함을 견딜 수 없어 그곳에서 할복자살 하겠다고 주장한다.

그는 다름 아닌 몰락한 사무라이로 무사다운 명예로움을 선택한 것이다. 이어서 영화는 플래시백을 통해 실은 복수의 결의를 하고 온 그가 어떻게 해서 그곳까지 왔는가를 알려준다. 시스템이 부과한 명예라는 것의 공허함과 그에 따른 시스템의 잔악한 억압을 이야기하는 <할복>은 여러 상징들, 공간, 행위 등을 세심하게 조율해서 보는 이로부터 여러 색깔의 숨 차오름을 경험하게 한다.

도쿠가와 막부가 막 일어난 무렵의 일본이다 신왕조가 개창도리 때 구 왕조의 왕족과 귀족이 몰락하고 새로운 세력이 등장하는 것처럼 일본에서도 정권교체가 일어나면서 많은 무사들이 몰락했다 그래서 그들은 새로운 영주 밑에 들어가거나 일반 백성들처럼 일하거나 명예롭게 할복하여 죽음을 택하는 것뿐이다 어느 한 무사가 센코쿠 가문 앞마당에서 할복자살로 명예롭게 죽기를 희망하자 가문의 영주가 그의 무사 정신을 높게 평가해 가신으로 받아들인다.

이 소문은 에도 전역에 퍼지게 되고 살아가기에 막막해진 많은 굶주린 무사들이 다이묘 가문들을 너도 나도 찾아가기 시작한다. 자기 집 앞마당에서 사람이 죽어나가는 것을 영 찜찜하게 여긴 다이묘 가문의 사람들은 암묵적으로 그들이 오면 돈을 몇 푼 쥐어주고 돌려보내게 되었다.

이와이 가문에도 어느 날 한 모토메 라는 무사가 찾아오고 할복을 신청한다 하지만 이와이 가문 사람들은 만약 이대로 그를 돈 주고 그냥 돌려보내면 다음번에 수많은 거렁뱅이 무사들이 들여 닥칠 거라며 진짜로 그의 할복의식을 돕자고 청한다. 곧 할복의식이 거행되자 당황한 모토메는 사정했지만 거절당하고 할복을 한다.

몇 달 후 또 한 명의 무사가 할복의식을 청하고자 이와이 가문에 왔다 그의 이름은 츠구모 한시로. 하지만 이와이 가문 사람은 몇 달 전 모토메 이야기를 하면서 정말 우리는 할복을 시킨다 라며 할 생각이 없거든 돌아가라고 한다. 그에 걱정 말라며 할복하겠다 청한 그는 대신 자신을 의식을 도와줄 대신을 선택하게 도와 달라고 한다

3명의 대신을 말했지만 그들 모두는 자리를 비운 상태. 이 모두는 사실 츠구모가 상투를 잘라서 치욕을 안겨 준 이들이었다. 왜냐하면 사실은 츠구모는 몇 달 전 이와이 가문에서 할복. 자살을 한 모토메의 장인이었고 사소한 잘못으로 할복까지 해야만 했던 이와이 가문에게 복수하기 위해 온 것이었다. 정말 배고프고 가난했던 그가 선택할 수밖에 없었던 일은 이와이 가문에 와서 할복 신청하는 것이었고 무사의 명예는 가난 앞에서는 그저 허울 뿐일라며 개탄했다. 이야기를 다 듣고는 이와이 가문의 수장은 수하들을 시켜 그를 처결하라고 하고 츠구모는 싸우다가 할복하여 죽는다.