영화는 율리우스 2세와 미켈란젤로 사이의 갈등으로부터 시작된다. 그는 자신의 시스틴 성당 천정화 제작을 놓고 고민한다. 이 건물을 다자인한 건축가 브라만테(1444~1514)의 간섭과 의견도 만만치 않다. 여기에 율리우스 2세까지 감당하려니 미켈란젤로는 힘에 부친다. 조각가이기 때문에 천정화는 맡을 수 없다고 버티던 미켈란젤로는 결국 율리우스와 계약을 한다. 하지만 그 넓고 커다란 천정에 무엇을 어떻게 그릴지 막막하기만 하다. 작업은 시작했지만 진척이 없다. 스스로도 만족하지 못하는 작품을 어디다 내놓을 것인가. 고민하던 그는 어느 날 대리석 산지인 카라라로 도망을 가고 만다. 그러자 율리우스는 부하들을 풀어 잡아오라 명하고 미켈란젤로는 도망을 가던 중 마치 주님이 깨우침을 얻듯 구름과 자연을 통해 천정화를 위한 영감을 얻게 된다.

그리고 다시 작업현장에 나와 자신의 제자들과 열심히 그림을 그리고 율리우스 2세는 자신의 귀한 성당에 비게와 사다리를 매고 너저분하게 작업장처럼 변해가는 것을 보면서도 아름다운 천정화를 기대하면서 모든 것을 용납한다. 그리고 많은 시간이 흐르면서 작업을 사이에 두고 율리우스와 미켈란젤로는 우여곡절을 겪지만 서로간의 신뢰로 작업은 이어진다. 경우에 따라서는 예배를 보고 퇴장하는 신부와 주교의 흰 미사복에 붓을 떨어뜨리고 물감을 쏟는 해프닝이 일어나기도 하고 때로는 율리우스 2세가 몰래 작업하는 광경을 훔쳐보러 왔다가 미켈란젤로에게 면박을 당하기도 하는데.....