천신만고 끝에 캡슐에 잠들어 있던 전편의 유일한 생존자 리플리는 57년간 우주공간을 떠돌다 우주구조선으로 흘러들어 극적으로 구출된다. 에이리언에 대한 악몽으로 시달리는 리플리는 회사로부터 당시 로스트로모호가 착륙한 미정체 혹성 LV-426(아체론)과 화물선을 폭발한 것에 대해 추궁당한다. 원시 생물의 존재를 부정하는 생물 학자들은 인간의 몸 속에서 잉태되어 태어나는 염산 혈액을 가진 에이리언 이야기를 아무도 믿지 않는다. 더구나 20년 전부터 혹성에 우주 기술자와 가족을 보내 대기처리 장치의 개발을 시작하고 있었다. 그런데, 혹성과 연락이 두절되자, 리플리는 고문의 자격으로 우주 해병대와 함께 동행해 달라는 부탁을 받게 된다.

이윽고 혹성의 대기권에 도착, 우주선으로부터 셔틀선을 타고 혹성으로 내려와 특수장갑차 APC를 타고 건물 수색을 하게 된다. 이윽고 들이닥치는 에이리언 무리와 대결을 벌이게 되나 자만심에 차 있던 대원들은 하나 둘씩 처참히 죽어간다. 그러다 실험실에서 이주민의 마지막 생존자인 뉴트라는 12살 가량의 여자 아이를 발견하게 된다. 하지만 핵탄두를 사용하는 이들의 무기가 공기 여과용 냉각 장치의 폭발을 일으킬 염려가 있어 사용도 못해 더욱 더 막다른 벽에 이른다. 더구나 이주민들이 에이리언의 새끼를 부하하기 위해 숙주가 되어 있는 참혹한 장소를 발견하면서부터 일행은 공포에 질려 무기들을 난사하여 언제 핵폭발을 일으킬 지 모르는 상태가 된다.

여기에 셔틀선도 에이리언의 기습으로 불시착하여 폭발하고, 설상가상으로 희귀 생물체인 에이리언을 데려가 다른 용도로 이용하려는 회사 직원 벅크에 의해 리플리는 또다른 위기를 겪기도 한다. 결국 생존력이 강한 여전사 리플리의 활약과 송신 장비를 수리한 인조 인간인 비숍의 도움으로 살 길을 찾기 시작한다. 마침내 수 백 마리의 에이리언에 쫓겨 정거장으로 향하나, 대부분 대원들이 죽고 뉴트마저 잃어버리고 만다. 이에 리플리는 중무장을 하고 뉴트를 찾아 셔틀선으로 돌아오던 중 알을 낳는 거대한 에이리언과 맞선다.

마침내 리플리는 수 백개의 모든 알들을 불태우고 퀸에이리언에 쫓기다 마침내 비숍이 조종하는 셔틀선에 간신히 탑승, 폭파되는 혹성을 빠져나와 무사히 우주선으로 돌아온다. 그러나 끝까지 셔틀선에 붙어온 퀸에이리언이 다시 무시무시한 모습을 보이며 다가온다. 리플리는 짐을 옮길 때 쓰는 로더라는 기계를 사용해 에이리언과 또 다시 사투를 벌여 마침내 거대한 에이리언을 우주선 밖 우주 공간으로 날려보낸다. 생존자는 리플리와 뉴트, 용감히 싸우다 부상으로 혼수 상태에 빠진 힉스, 토막 난 비숍이 전부였다. 이들은 지구로 향한 귀환길의 긴 잠에 빠져든다.

Special Features

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- includes over 17 minutes of restored footage