1554년 영국, 질투심 많은 카톨릭 신봉자인 메리 1세의 치정 하에 있는 영국은 재정적으로나 종교적으로나 어려운 처지에 몰려있다. 죽음을 눈앞에 둔 구교도 메리 여왕(Queen Mary Tudor: 캐시 버크 분)은 신교도 박해에 더욱 박차를 가한다. 역시 신교도인 메리의 배다른 여동생 엘리자베스 공주(Elizabeth I: 케이트 블랑쉬 분)도 모함에 빠져 사형될 위기에 처한다. 다행히 그녀는 살아나고 메리는 임종을 맞는다.
 

여왕의 자리에 오른 엘리자베스는 공주 시절 사랑하던 로버트 더들리(Robert Dudley: 조셉 피네스 분)와 헤어질 것을 강요당하고, 윌리엄 세실 경(Sir William Cecil: 리차드 아텐보로 분)에 의해 정략 결혼을 해야할 처지에 놓인다. 영국은 당시 재정적으로는 적자를 면치 못한 채 군대도 없어 외세의 침략 위협에 시달리고 있었다. 또한 노포크 공(Duke of Norfolk: 크리스토퍼 에클레스톤 분)이 왕정의 반대세력으로 떠오르게 된다. 국가를 위해서 엘리자베스는 죽은 언니의 남편이었던 스페인의 필립 왕이나 프랑스 여왕의 조카 앙주 공(Duc d'Anjou: 빈센트 카셀 분) 중 한 사람을 선택해 결혼해야만 하는 운명에 놓인다. 이때 프랑스의 여왕 메리 드 기스(Mary of Guise: 패니 아던트 분)가 스코틀랜드에 병력을 집결시키고, 이 전투에서 엘리자베스는 치욕스러운 패배를 당한다.
 

살아남기 위해서는 권위를 더욱 드높여야 한다는 사실을 깨달은 그녀는 세실 경의 압력에도 불구, 청혼을 모두 거부하고, 이로 인해 암살의 위협에 시달린다. 더들리에게서 위안을 찾으려던 그녀는 그가 이미 유부남이었다는 사실을 전해 듣는다. 모두에게 배신감을 느끼게 된 엘리자베스는 이전보다 더욱 월싱엄 경(Sir Francis Walsingham: 제프리 러쉬)에게 의지하게 된다. 조카의 청혼을 거절한데 대해 앙심을 품은 메리 여왕이 독 묻은 드레스를 보내 암살을 기도했음이 드러나자 엘리자베스는 월싱엄 경을 스코틀랜드로 보내 메리 여왕을 암살하도록 한다. 뿐만 아니라 노포크 공을 중심으로 반역을 꾀하던 궁중 내 무리들을 숙청함으로써 그녀는 마침내 왕좌를 안전하게 지켜낸다. 음모와 배반의 소용돌이를 지나온 그녀는 자신이 영국과 혼약을 맺은 ‘버진 퀸’임을 선포한다.