앤디가 카우보이 캠프로 떠나는 날. 앤디와 함께 캠프로 떠날 생각에 우디는 몹시 들떠있다. 그러나, 캠프로 떠나기 직전에 우디 팔이 튿어지는 사고가 발생하고, 앤디는 우디를 남겨둔 채 혼자 캠프로 떠난다. 우디의 실망은 말할 수 없이 크다. 그런데, 이런 우디의 정신을 번쩍 들게 하는 사건이 발생한다.

앤디의 집 마당에 벼룩시장이 열린 것이다. 함께 지내던 펭귄 위지가 벼룩시장에서 팔려나갈 위기에 처하자, 우디는 그를 구하기 위해 앤디의 애완견을 타고 마당으로 달려 간다. 다행히 위지는 구했는데, 이번엔 우디가 마당에 떨어지고 만다. 마침 그곳에 들렸던 장난감 가게 사장 알은 우디를 보고 너무나 탐이 난 나머지 몰래 그를 훔쳐간다.

우디가 납치당하자 앤디의 방에서는 일대 소동이 일어난다. 우주전사 버즈는 알이 장난감 가게 사장이란 사실을 알아내고는 곧 우디를 구출하기 위한 특공대를 조직하여 떠난다. 한편, 알의 아파트로 납치되어 온 우디는 새로운 친구들을 만나게 된다. 카우걸 제시와 광부 아저씨 프로스펙터, 그리고 불스아이. 그들은 마치 오랜 친구였다는 듯이 우디를 반기며, 그에게 새로운 사실을 알려주는데….